依法管理宗教事務，是指政府根據憲法和有關法律、法規(guī)及規(guī)范性文件，對宗教方面涉及國家利益、社會公共利益的關系和行為，以及社會公共活動涉及宗教界權益的關系和行為的行政管理。依法管理宗教事務是全面、正確貫徹宗教信仰自由政策的要求和體現(xiàn)，是宗教與社會主義社會相適應的必然要求，也是我們國家社會主義民主和法制建設的重要內容。1991年中央制定的6號文件第一次明確政府依法對宗教事務進行管理，并就依法管理的內容、目標和方法提出了具體指導意見。這標志著我國宗教工作逐步走上法制化軌道。2001年全國宗教工作會議，按照實行依法治國方略的要求，根據我國宗教工作面臨的形勢和依法管理宗教事務實踐的經驗總結，對依法管理宗教事務的內涵作了全面和深刻的闡述。
依法管理宗教事務，必須依據憲法和有關法律、法規(guī)及規(guī)范性政策文件進行。宗教必須在法律、法規(guī)和政策范圍內活動。政府是行政管理的主體，對宗教事務的管理是保證正常宗教活動的有序進行，依法管理宗教事務的要旨是保護合法，制止非法，抵御滲透，打擊犯罪。
依法管理宗教事務，是為了更好地全面貫徹執(zhí)行宗教信仰自由政策，不能片面理解為是限制宗教。依法保護宗教團體和宗教活動場所的合法權益，保護宗教教職人員履行正常的教務活動，保護信教群眾正常的宗教活動，是依法管理的重點。任何干涉或侵犯正當?shù)淖诮绦叛觥⒄５淖诮袒顒雍妥诮探绲暮戏嘁?，都是法律、法?guī)和政策所不允許的。一旦發(fā)生應當立即予以糾正，對觸犯刑律的，要依法處理。同時，要制止利用宗教進行的非法活動，抵御境外勢力利用宗教進行的滲透，打擊利用宗教進行的違法犯罪活動。
依法管理宗教事務，是為了使宗教活動納入法律、法規(guī)和政策的范圍，這也符合各宗教的利益和信教群眾的利益，有利于支持和鼓勵宗教團體辦好教務，加強自主管理。依法管理對政府來講，不是去包辦或干預宗教團體的內部事務。就宗教團體而言，也不能超越國家法律法規(guī)，違反現(xiàn)行政策規(guī)定。